「保良局西區婦女福利會馮李佩瑤小學」是由兩間保良局屬校——「莊啟程第二小學下午校」及「梁周順琴小學下午校」合併而成，2011年正式成立。

莊啟程第二小學下午校

「莊啟程第二小學」於一九七八年正式成立，為保良局於局外開辦的第五間小學，亦為保良局於新界開辦的第一所政府津貼小學，最初校名為「保良局第五小學」。至一九九一年蒙莊悅祿總理慨捐五十萬元，以增繕設備，故於該年三月十八日易名為「保良局莊啟程第二小學」。

本校秉承本局「興學育才」宗旨，為屯門區學童提供「德、智、體、群、美」五育並重的優質教育，甚得本區家長信賴。創校至今，同工們春風化雨，諄諄善誘，同學們亦自發自強，深孚眾望。

梁周順琴小學下午校

「梁周順琴小學」是保良局第八間小學，於1984年創校，開幕典禮由當年教育署署長許瑜先生(Colvyn Hugh Haye)主持，下午部亦於1985年3月投入服務。

下午校秉承保良局辦學方針，發揚校訓「愛、敬、勤、誠」精神，為新界西的兒童提供高質素的教育服務，深受家長歡迎。校風六元素「愛心、創意、活力、堅毅、典雅、求真」更概括了學校培育學生品格與人生觀的重要工作方向及原則。