繼續與兩間保良局中學保持聯繫

兩校合併後，馮李佩瑤小學仍與所屬辦學團體(保良局)在屯門區的兩所優質中學保持聯繫。保良局百周年李兆忠紀念中學及保良局董玉娣中學均是成績卓越的中學，就讀本校的學生在聯繫制度下，有更大的機會入讀這兩間優秀中學。

重視學生的升中表現

為學生創造未來是本校其中的一個辦學方向，學生在五、六年級已開始為升中作好準備，學生成績優越，獲派第一志願中學及第一組別(Band1)學生一向遠比全港平均為高，學生未來學業更有保證。